黒呪島クリア後は、以下の変化がある。
・ 黒呪島入り口のオルガのいる場所にバロックも常にいてくれるようになる。
・ 黒呪島入江の２つのショートカットが一旦閉じる（はじめから進んで裏から開けるとまた使えるようになる。3周目以降ははじめから開いている）
・ 黒呪島内のモンスターの配置がクリア前と比べて全て変化し、難易度がかなり上がる。
・ 宝箱から入手出来るアイテムの内容にも変化がある。（黒呪アイテムがレベルの高いものがでやすくなったかんじがする。要検証）
・ ゲイザー、ダークビショップ、ダイモーンなどのボスが復活するのでもう一度戦うことができる。ダイモーンは覚醒形態とも戦うことになる。
・ 出現するモンスターの強さは自体は基本的に変更がないが、単体ではなく複数で出現することが多くなり難易度は上がる。
・ 3周目以降の変化要素としては、プレイヤー側のよろめかせ力が3分の2に減少し、被ダメージ量が2.25倍に増加する。